A Universidade de Trás-os-Montes e Alto Douro está estruturada em dois modelos de unidades orgânicas de ensino e investigação, que gozam da autonomia científica, pedagógica e administrativa, ou seja: quatro escolas de natureza universitária e uma escola de natureza politécnica.
As escolas de natureza universitária: Escola de Ciências Agrárias e Veterinárias; Escola de Ciências Humanas e Sociais; Escola de Ciências e Tecnologia; Escola de Ciências da Vida e do Ambiente, são unidades orgânicas dirigidas à realização continuada das tarefas de ensino, de investigação, de transferência de ciência e de tecnologia, de difusão de cultura e de prestação de serviços especializados.
A escola de natureza politécnica (Escola Superior de Saúde) é uma unidade orgânica orientada para a criação, transmissão e difusão da cultura e do saber de natureza profissional, através da articulação do estudo, do ensino, da investigação orientada e do desenvolvimento experimental.